Одељење за османистику проучава период вишевековне владавине Османског царства на простору Босне и Србије. Његова основна делатност је прикупљање и обрада османских извора, који се чувају у архивама и рукописним збиркама библиотека у Републици Турској. Захваљујући помоћи сарадника, Одељење је успело да створи дигиталну збирку са неколико хиљада скенова. Они се највећим делом односе на Вишеград и Вилајет Земље Павловића, који се простирао с обе стране Дрине, од Сарајева на западу до планине Голије на истоку.

Сарадници Одељења су прво почели с радом на пописима становништва, који пружају драгоцене податке о демографији, исламизацији, миграцијама, привреди, саобраћају, као и војним, верским и привредним објектима. Посебну пажњу посветили су пописима из 15. века, који одражавају стање из предосманског периода. Поред превођења пописа, сарадници се баве и писањем научних радова, које објављују у водећим научним часописима и гласилу Института.

Одељење се залаже за мултидисциплинарни приступ у научном раду, пре свега кроз сарадњу историчара османиста са археолозима и историчарима уметности. Такав вид сарадње се већ остварује кроз припреме заједничких теренских истраживања у околини Вишеграда.

Одељење се бави и одржавањем циклуса предавања и научних скупова у Андрићевом институту.